Understanding the composition of the microbial community and its functional capacity during weaning is important for pig production as bacteria play important roles in the pig's health and growth performance. However, limited information is available regarding the composition and function of the gut microbiome of piglets in early-life. Therefore, we performed 16S rRNA gene and whole metagenome shotgun sequencing of DNA from fecal samples from healthy piglets during weaning to measure microbiome shifts, and to identify the potential contribution of the early-life microbiota in shaping piglet health with a focus on microbial stress responses, carbohydrate and amino acid metabolism. The analysis of 16S rRNA genes and whole metagenome shotgun sequencing revealed significant compositional and functional differences between the fecal microbiome in nursing and weaned piglets. The fecal microbiome of the nursing piglets showed higher relative abundance of bacteria in the genus Bacteroides with abundant gene families related to the utilization of lactose and galactose. Prevotella and Lactobacillus were enriched in weaned piglets with an enrichment for the gene families associated with carbohydrate and amino acid metabolism. In addition, an analysis of the functional capacity of the fecal microbiome showed higher abundances of genes associated with heat shock and oxidative stress in the metagenome of weaned piglets compared to nursing piglets. Overall, our data show that microbial shifts and changes in functional capacities of the piglet fecal microbiome resulted in potential reductions in the effects of stress, including dietary changes that occur during weaning. These results provide us with new insights into the piglet gut microbiome that contributes to the growth of the animal.

In contemporary society, the increasing number of pet-owning households has significantly heightened interest in companion animal health, expanding the probiotics market aimed at enhancing pet well-being. Consequently, research into the gut microbiota of companion animals has gained momentum, however, ethical and societal challenges associated with experiments on intelligent and pain-sensitive animals necessitate alternative research methodologies to reduce reliance on live animal testing. To address this need, the Fermenter for Intestinal Microbiota Model (FIMM) is being investigated as an

Selenium (Se) is an essential trace mineral that play an important role in physiological and biochemical responses by regulating the antioxidant system. Dietary Se is provided as a nutritional supplement to livestock diets in inorganic (ISe) or organic (OSe) form and has different bioavailability to animals. However, the comparison of the effects of dietary Se in different forms and levels of bioavailability are still limited. Therefore, this study was conducted to evaluate the effects of dietary Se sources and levels on growth performance, carcass characteristics, proximate composition of pork loin, Se concentrations, and blood parameters of growing-finishing pigs. In a randomized completely block design (block = initial body weight and sex), 160 pigs (28.17 ± 3.03 kg of body weight) were allotted to five dietary treatments (4 pigs/pen; 8 replicates/treatment) and fed for 14 weeks. Dietary treatments were 1) a non-Se-fortified diet based on corn and soybean meal provided as control (CON), 2) CON + 0.3 ppm ISe (ISe3), 3) CON + 0.5 ppm ISe (ISe5), 4) CON + 0.3 ppm OSe (OSe3), and 5) CON + 0.5 ppm OSe (OSe5). Data and sample collections were conducted at the specific time points during the study. Pigs fed dietary OSe tended to have an increased (p < 0.10) gain to feed ratio in the grower phase compared with those fed dietary ISe. In addition, dietary OSe increased (p < 0.05) hot carcass weight compared with dietary ISe. In contrast, dietary ISe increased (p < 0.05) crude protein content of pork loin compared with dietary OSe. Se concentrations in the kidney and pork loin were higher when the dietary Se source was OSe (p < 0.05) and increased with increasing dietary Se level (p < 0.05). In the finisher phase, serum total protein, calcium, inorganic phosphorus, magnesium, and creatinine concentrations increased with increasing dietary Se level (p < 0.05). In conclusion, our study verified that dietary ISe and OSe each affected crude protein content of pork loin and tissue Se concentrations, respectively. Furthermore, blood biochemical parameters were modulated by prolonged intake with increased levels of dietary Se, regardless of the Se source.

This study investigated age-related changes in the gut microbiota and metabolome of Sapsaree dogs through metagenomic and metabolomic analyses. Using Illumina (short-read) and Nanopore (long-read) sequencing technologies, we identified both common and unique bacterial genera in the dogs across different age groups. In metagenomic analysis, Firmicutes were predominant at the family level. At the genus level, Lactobacillus , Streptococcus , Romboutsia , and Clostridium XI were the most abundant, and the bacterial genera typically considered beneficial were less prevalent in senior dogs, whereas the genera associated with pathogenicity were more abundant. These findings suggest age-related shifts in gut microbiota composition. Metabolomic analysis showed distinct clustering of metabolites based on the age group, with changes in metabolite profiles correlating with metagenomic findings. Although Illumina and Nanopore methods provided distinctive results, the genera detected by both methods exhibited similar trends across all age groups in Sapsaree dogs. These findings highlight the relationship between ages, metabolite profiles and gut microbiota composition in dogs, suggesting the need for further research to explore this relation in greater depth.