ZZ
Zhiyong Zhang
Author with expertise in RNA Methylation and Modification in Gene Expression
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
18
(50% Open Access)
Cited by:
2,259
h-index:
45
/
i10-index:
163
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Plasma MicroRNA Panel to Diagnose Hepatitis B Virus–Related Hepatocellular Carcinoma

Jian Zhou et al.Nov 22, 2011
Purpose More than 60% of patients with hepatocellular carcinoma (HCC) do not receive curative therapy as a result of late clinical presentation and diagnosis. We aimed to identify plasma microRNAs for diagnosing hepatitis B virus (HBV) –related HCC. Patients and Methods Plasma microRNA expression was investigated with three independent cohorts including 934 participants (healthy, chronic hepatitis B, cirrhosis, and HBV-related HCC), recruited between August 2008 and June 2010. First, we used microarray to screen 723 microRNAs in 137 plasma samples for diagnosing HCC. Quantitative reverse-transcriptase polymerase chain reaction assay was then applied to evaluate the expression of selected microRNAs. A logistic regression model was constructed using a training cohort (n = 407) and then validated using an independent cohort (n = 390). Area under the receiver operating characteristic curve (AUC) was used to evaluate diagnostic accuracy. Results We identified a microRNA panel (miR-122, miR-192, miR-21, miR-223, miR-26a, miR-27a and miR-801) that provided a high diagnostic accuracy of HCC (AUC = 0.864 and 0.888 for training and validation data set, respectively). The satisfactory diagnostic performance of the microRNA panel persisted regardless of disease status (AUCs for Barcelona Clinic Liver Cancer stages 0, A, B, and C were 0.888, 0.888, 0.901, and 0.881, respectively). The microRNA panel can also differentiate HCC from healthy (AUC = 0.941), chronic hepatitis B (AUC = 0.842), and cirrhosis (AUC = 0.884), respectively. Conclusion We found a plasma microRNA panel that has considerable clinical value in diagnosing early-stage HCC. Thus, patients who would have otherwise missed the curative treatment window can benefit from optimal therapy.
0

METTL3 and ALKBH5 oppositely regulate m6A modification of TFEB mRNA, which dictates the fate of hypoxia/reoxygenation-treated cardiomyocytes

Huiwen Song et al.Mar 17, 2019
N6-methyladenosine (m6A) mRNA modifications play critical roles in various biological processes. However, no study addresses the role of m6A in macroautophagy/autophagy. Here, we show that m6A modifications are increased in H/R-treated cardiomyocytes and ischemia/reperfusion (I/R)-treated mice heart. We found that METTL3 (methyltransferase like 3) is the primary factor involved in aberrant m6A modification. Silencing METTL3 enhances autophagic flux and inhibits apoptosis in H/R-treated cardiomyocytes. However, overexpression of METTL3 or inhibition of the RNA demethylase ALKBH5 has an opposite effect, suggesting that METTL3 is a negative regulator of autophagy. Mechanistically, METTL3 methylates TFEB, a master regulator of lysosomal biogenesis and autophagy genes, at two m6A residues in the 3ʹ-UTR, which promotes the association of the RNA-binding protein HNRNPD with TFEB pre-mRNA and subsequently decreases the expression levels of TFEB. Further experiments show that autophagic flux enhanced by METTL3 deficiency is TFEB dependent. In turn, TFEB regulates the expression levels of METTL3 and ALKBH5 in opposite directions: it induces ALKBH5 and inhibits METTL3. TFEB binds to the ALKBH5 promoter and activates its transcription. In contrast, inhibition of METTL3 by TFEB does not involve transcriptional repression but rather downregulation of mRNA stability, thereby establishing a negative feedback loop. Together, our work uncovers a critical link between METTL3-ALKBH5 and autophagy, providing insight into the functional importance of the reversible mRNA m6A methylation and its modulators in ischemic heart disease.Abbreviations ACTB, actin beta; ALKBH5, alkB homolog 5, RNA demethylase; ANXA5, annexin A5; ATG, autophagy-related; BafA, bafilomycin A1; CASP3, caspase 3; ELAVL1, ELAV like RNA binding protein 1; FTO, FTO, alpha-ketoglutarate dependent dioxygenase; GFP, green fluorescent protein; GST, glutathione S-transferase; HNRNPD, heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D; H/R, hypoxia/reoxygenation; I/R, ischemia/reperfusion; LAD, left anterior descending; m6A, N6-methyladenosine; MEFs, mouse embryo fibroblasts; Mer, mutated estrogen receptor domains; METTL3, methyltransferase like 3; METTL14, methyltransferase like 14; mRFP, monomeric red fluorescent protein; MTORC1, mechanistic target of rapamycin kinase complex 1; NMVCs, neonatal mouse ventricular cardiomyocytes; PCNA, proliferating cell nuclear antigen; PE, phosphatidylethanolamine; PI, propidium iodide; PTMs, post-translational modifications; PVDF, polyvinylidenedifluoride; RIP, RNA-immunoprecipitation; siRNA, small interfering RNA; SQSTM1, sequestosome 1; TFEB, transcription factor EB; TUBA: tublin alpha; WTAP, WT1 associated protein; YTHDF, YTH N6-methyladenosine RNA binding protein
0

RETRACTED ARTICLE: YAP1-induced MALAT1 promotes epithelial–mesenchymal transition and angiogenesis by sponging miR-126-5p in colorectal cancer

Zhenqiang Sun et al.Dec 10, 2018
Yes-associated protein 1 (YAP1) exerts significant effects in various malignancies. However, the oncogenic role of YAP1 remains controversial, and the mechanism by which YAP1 regulates non-coding RNAs is still largely unknown. The present study aimed to assess the effect of YAP1 on the malignant behaviors of colorectal carcinoma (CRC) and explore the underlying regulatory mechanism of the YAP1-MALAT1-miR-126-5p axis. YAP1 was highly expressed in CRC tissues as assessed by GSE20916 and its expression was negatively correlated with overall survival in 83 CRC cases. Meanwhile, YAP1 promoted proliferation, invasion, and migration in colon cancer cells, in vitro and in vivo. MALAT1 was obviously expressed, with differential expression of 11 lncRNAs in HCT116 cells after transfection with siYAP1 or si-Ctl. Based on bioinformatics prediction, immunoprecipitation (IP), and chromatin immunoprecipitation (ChIP), the interaction of YAP1 with TCF4/β-catenin was regulated by MALAT1. Bioinformatics prediction, dual luciferase assay, RNA-IP, and RNA pull-down assay demonstrated that YAP1-induced MALAT1 promoted the expression of metastasis-associated molecules such as VEGFA, SLUG, and TWIST, by sponging miR-126-5p in CRC. These findings indicated that the YAP1-MALAT1-miR-126-5p axis could control angiogenesis and epithelial-mesenchymal transition in CRC, providing potential biomarkers and therapeutic targets for CRC.
0
Citation203
0
Save
0

CT quantification of pneumonia lesions in early days predicts progression to severe illness in a cohort of COVID-19 patients

Fengjun Liu et al.Jan 1, 2020
Rationale: Some patients with coronavirus disease 2019 (COVID-19) rapidly develop respiratory failure or even die, underscoring the need for early identification of patients at elevated risk of severe illness.This study aims to quantify pneumonia lesions by computed tomography (CT) in the early days to predict progression to severe illness in a cohort of COVID-19 patients.Methods: This retrospective cohort study included confirmed COVID-19 patients.Three quantitative CT features of pneumonia lesions were automatically calculated using artificial intelligence algorithms, representing the percentages of ground-glass opacity volume (PGV), semi-consolidation volume (PSV), and consolidation volume (PCV) in both lungs.CT features, acute physiology and chronic health evaluation II (APACHE-II) score, neutrophil-to-lymphocyte ratio (NLR), and d-dimer, on day 0 (hospital admission) and day 4, were collected to predict the occurrence of severe illness within a 28-day follow-up using both logistic regression and Cox proportional hazard models.Results: We included 134 patients, of whom 19 (14.2%) developed any severe illness.CT features on day 0 and day 4, as well as their changes from day 0 to day 4, showed predictive capability.Changes in CT features from day 0 to day 4 performed the best in the prediction (area under the receiver operating characteristic curve = 0.93, 95% confidence interval [CI] 0.87~0.99;C-index=0.88,95% CI 0.81~0.95).The hazard ratios of PGV and PCV were 1.39 (95% CI 1.05~1.84,P=0.023) and 1.67 (95% CI 1.17~2.38,P=0.005), respectively.CT features, adjusted for age and gender, on day 4 and in terms of changes from day 0 to day 4 outperformed APACHE-II, NLR, and d-dimer.Conclusions: CT quantification of pneumonia lesions can early and non-invasively predict the progression to severe illness, providing a promising prognostic indicator for clinical management of COVID-19.
0

Association between Bone Mineral Density and Dietary Patterns in Elderly Women in Guangxi: A Cross-Sectional Study in China

Chaofan Xie et al.Jan 1, 2024
This study aimed to investigate the relationship between dietary patterns and bone mineral density (BMD) in elderly women, analyze potential risk factors and provide a reference for the prevention of osteoporosis (OP). The study was conducted from December 2018 to November 2019 in Gongcheng Yao Autonomous County, Guangxi, and a cross-sectional survey was conducted using the whole cluster random sampling method. In this study, older women ≥60 years old were selected for physical examination, baseline population survey and food frequency questionnaire (FFQ). Dietary patterns were analyzed using factor analysis, and the relationship between dietary patterns and the prevalence of OP was assessed using a binary logistic regression model. According to statistical analysis of data, a total of 666 elderly women were included in this study, and their prevalence of OP was 53.45%. The differences in ethnicity, education level, Body mass index (BMI), Age, Hipline (Hip), Waist circumference (WC), and High-density lipoprotein cholesterol (HDL-C) were statistically significant (P < 0.05) in the non-OP group compared with the OP group. The prevalence of OP was high among elderly women in a rural county in Guangxi, China. The analysis results show that a dietary pattern with relatively high intake of edible oil and salt may be a risk factor for developing OP. It is recommended that in daily life, elderly women should maintain a healthy weight, eat a balanced diet, and reduce the intake of oil and salt to promote bone health.
0
Citation1
0
Save
0

Sleep quality mediates the effect of medical social support on depression symptoms in patients with HIV/AIDS

Ziqi Chen et al.May 28, 2024
Abstract Objectives The purpose of our study is to further understanding of the depression symptoms of HIV/AIDS patients in Guilin, Guangxi via exploring whether there is a mediating effect of sleep quality on medical-social support and depression symptoms and therefore provide a theoretical basis for application of medical-social support to alleviate depression symptoms of HIV/AIDS patients. Methods A convenience sampling method was used to select 200 HIV/AIDS patients for the study. Depression symptoms, sleep quality, and medical-social support of the study participants were investigated using The Center for Epidemiological Studies Depression Scale (CES-D), The Pittsburg Sleep Quality Index (PSQI), and The Medical Outcomes Study Social Support Survey (MOS-SSS), respectively. Predictors of depression symptoms were explored by multiple linear regression, and Pearson correlation was used to analyze the relationship between sleep quality, medical-social support, and depression symptoms. Mediating effect analysis was performed by nonparametric Bootstrap test. Results In this study, the incidence of depression symptoms was 54.4%. Multiple linear regression analysis showed that leanness (β = 0.161, P = 0.008), obesity (β = 0.186, P = 0.002), sleep quality score > 7 (β = 0.331, P < 0.001), and medical-social support score > 56 (β = -0.247, P < 0.001) could influence depression symptoms of HIV and Pearson’s correlation analysis demonstrated that there was a two-way correlation between sleep quality, medical social support and depression symptoms ( P < 0.05). In addition, Bootstrap tests showed that medical-social support might affect depression symptoms not only directly but also indirectly through the mediating effect of sleep quality with the direct and mediating effects accounting for 77.25% and 22.75% of the total effect, respectively. Conclusion The prevalence of depression symptoms is high among HIV/AIDS patients in Guilin City. The depressive symptoms of PLWHs(people living with HIV) are related to their sleep quality and medical-social support, and sleep quality partially mediates the relationship between medical-social support and depression symptoms. Therefore, interventions to improve sleep quality and medical-social support have the potential to allay the depression symptoms of HIV/AIDS patients.
Load More